Takeda aloitti Chobei Omiya -myymälän sivuliikkeenä. Tämän merkin perustana on "syleilevät vuoret" (Dakiyama). Kyseessä on Omiya-tuotemerkin yhtiömerkki, johon on lisätty "hon"-merkki; se kertoo laajentuneen klaanin pääperheestä. Vuorista yksi on Omissa, klaanin kotikaupungissa ja toinen vuori sijaitsee Osakassa, jonne myymälä perustettiin.
Tämä tavaramerkki rekisteröitiin vuonna 1898 käytettäväksi Japanin lääkestandardeja vastaavien tuotteiden yhteydessä. "Urokosta" tuli yhtiön virallinen merkki vuonna 1943, kun yhtiön nimeksi muutettiin Takeda Pharmaceutical Industries, Ltd, koska se on yksinkertainen ja helppo muistaa. Sitä käytetään Takedan logona Japanissa vielä tänäkin päivänä. Kolmio symboloi kalansuomua (japaniksi "uroko"), ja merkkiä pidetään hyvän onnen merkkinä, sillä kalansuomut edustavat ikää ja vuosien mittaan tapahtuvaa kasvua puun vuosirenkaiden tavoin.
Puhtaan valkoista haikaraa symboloiva tavaramerkki kehitettiin käytettäväksi korkealaatuisten, Japanin lääkestandardien ylittävien tuotteiden yhteydessä. Tämä merkki edustaa Takedan tuotteiden korkeaa laatua, sekä yhtiön omistautumista yhteiskunnan palvelemiseen rehellisesti.
Takedan Japanin ulkopuolella käytettävää logo on moderni versio "syleilevät vuoret" -merkistä (Dakiyama). Aikaisemmin Takeda käytti tätä logoa mustana. Nykyään sitä kuitenkin käytetään punaisena, ja väri on sama kuin suomulogossa (uroko).